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विज्ञान के भीतर एक आत्म-सुदृढ़ीकरण फीडबैक लूप है: वास्तविकता के मॉडल प्रस्तावित किए जाते हैं, और उन मॉडलों का परीक्षण करने के लिए प्रयोगात्मक उपकरण और विधियां बनाई जाती हैं। उपकरण तय करते हैं कि क्या खोजा जा सकता है, और मॉडल यह निर्धारित करते हैं कि शुरुआत के लिए कौन से उपकरण बनाए जाने चाहिए। सैद्धांतिक मॉडल अक्सर लंबे समय तक उपयोगी होते हैं, जब तक कि उनकी मूलभूत सीमाओं को पहचाना नहीं जाता। यदि हम कोशिका के बारे में अपनी समझ में प्रगति करना चाहते हैं, तो अब समय आ गया है कि जीव विज्ञान अपने मॉडलों का पुनर्मूल्यांकन करे।

आणविक जीव विज्ञान में, किसी भी रूपक का मशीन के रूप में कोशिकाओं की धारणा से अधिक महत्व नहीं है। स्कूली बच्चों को कोशिकाओं को छोटे कंप्यूटर के रूप में सोचना सिखाया जाता है, जो अणुओं से भरे होते हैं जो तार्किक कार्य करते हैं। जब पेरिस के दो वैज्ञानिकों फ्रांकोइस जैकब और जैक्स मोनोड ने 1961 में जीन अभिव्यक्ति के सिद्धांतों की खोज की, तो उन्होंने बायोमोलेक्युलस को "प्रोटीन उत्पादन को नियंत्रित करने के लिए प्रोग्रामिंग भाषाओं के लिए सामान्य सशर्त बयान" निष्पादित करने के रूप में सोचा। 1973 में, भौतिक विज्ञानी चार्ल्स एच. बेनेट ने आरएनए पोलीमरेज़, प्रोटीन जो डीएनए टेम्पलेट से मैसेंजर आरएनए बनाता है, की तुलना ट्यूरिंग मशीन से की।

जीवित कोशिकाओं और कंप्यूटरों को समान करके, किसी ने मानचित्र को क्षेत्र समझने की भूल कर दी है। किसी कोशिका को उसके सभी घटकों का अलग-अलग अध्ययन करके पूरी तरह से नहीं समझा जा सकता है, जैसा कि भाप टरबाइन या अन्य मशीनों को समझा जा सकता है। कोशिकाएँ अरबों परस्पर क्रिया करने वाले अणुओं से भरी होती हैं, जिनका व्यवहार एक वातावरण से दूसरे वातावरण में बदलता रहता है। और फिर भी, जीवविज्ञानियों ने सेलुलर घटकों का व्यक्तिगत रूप से अध्ययन करने के लिए लंबे समय से तरीके तैयार किए हैं, न कि पूरे हिस्से के लगातार बदलते भागों के रूप में। 'मशीनों के रूप में कोशिकाओं' के मानसिक मॉडल ने जीव विज्ञान में उपयोग किए जाने वाले उपकरणों और विधियों पर नकारात्मक प्रभाव डाला है।

अणुओं का अलगाव में अध्ययन करने से कोशिकाओं का अधूरा दृश्य सामने आता है। दशकों तक, अंतरिक्ष, समय और उनके प्राकृतिक संदर्भों में कोशिकाओं में जैव अणुओं का अध्ययन करने का कोई उपयुक्त तरीका नहीं था। लेकिन अब, यह बदल रहा है. नई विधियों से धीरे-धीरे पता चल रहा है कि कोशिकाएँ किसी भी मानव निर्मित मशीन की तुलना में कहीं अधिक जटिल और सुंदर हैं।

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द लेटकॉमर से उद्धृत लेख